Statistiek + R : 2006-2007

Statistiek + R voor BSc Biologie [jaar 1]


Mededelingen etc...

Er is een manier om vrijwel automatisch op de hoogte gehouden te worden van alle mededelingen op de Statistiek webstek. Dat wordt mogelijk gemaakt doordat deze stek beschikt over een zg RSS-feed [Wat zijn dat eigenlijk, RSS-Feeds? Zie ook Wikipedia]. Dit is het web-adres van de RSS-feed van de Statistiek webstek:

http://www.mzandee.net/~zandee/statistiek/blog/postcom.xml

Webpagina's met een RSS-feed kun je herkennen aan het RSS icoontje dat ze achter op de adresbalk laten zien: deze RSS Feed Block of anders deze RSS Feed Link

RSS-feeds zijn echter geen gewone web-pagina's die je met een web-browser kunt lezen. Je hebt daarvoor een zg feed-reader nodig, samen met het bovenstaande adres van de feed. Bloglines is een bekende on-line feed-reader, en Google Reader een andere. Een recept vindt je hieronder. Je kunt ook je web-browser leren om met RSS-feeds om te gaan. Als je Firefox gebruikt kan dat door een plug-in [bijv Wizz RSS News Reader] te installeren, of door over te stappen naar de nieuwe versie 2 van Firefox, met ingebouwde RSS voorzieningen. En als je gewoon de standaard MS Internet Explorer gebruikt kun je de laatste versie van IE downloaden [versie 7]. Ook voor deze laatste optie staat hier een recept gegeven.

Bloglines
  1. Ga naar Bloglines en laat je [gratis] registreren als gebruiker. Je kunt eerst even deze registratie demo bekijken.
  2. Log-in in Bloglines met het account wat je na registratie toe gestuurd heb gekregen.
  3. Klik op de Add link onder de tab My Feeds in het linker menu, om een abonnement [subscription] te nemen op de Statistiek stek.
  4. Copy/Paste deze regel
    http://www.mzandee.net/~zandee/statistiek/blog/postcom.xml
    in het open veld na Blog or Feed URL:
    en klik vervolgens op de Subscribe knop.
  5. Bevestig je keuze in het daarop volgende venster, door weer op Subscribe te klikken.
  6. De feed van de Statistiek stek zal in het linker menu verschijnen. Door er op te klikken kun je alle nieuwe berichten zien en lezen.
  7. Een beetje kort door de bocht? Bekijk dan deze en ook deze demo voor het handmatig dan wel automatisch toevoegen van een RSS-feed in Bloglines.
  8. Installeer Bloglines Notifier op je computer [thuis]. Zodra er nieuwe berichten zijn geplaatst op de webstekken waar je een abonnement op hebt genomen, wordt je daarvan op de hoogte gebracht. Je kunt eerst even deze installatie-demo bekijken.
Google-Reader
  1. Ga naar Google-Reader en klik daar op Create an account now.

     [Als je problemen hebt om een account te krijgen, dan kun je mij om een invitation vragen...]
     
  2. Als je een account hebt gekregen van Google, ga dan terug naar de Google-Reader pagina, en log-in:

     
  3. Klik op Add subscription, boven in de linkerkolom van het scherm:

     
  4. Copy/Paste deze regel
    http://www.mzandee.net/~zandee/statistiek/blog/postcom.xml
    in de open regel:

    en klik op de Add knop.
     
  5. In de rechterkolom van de Google Reader pagina zal nu een lijstje met berichten uit de Statistiek + R : 2006-2007 webpagina verschijnen:

     
  6. Nu je toch een account bij Google hebt, kun je ook gebruik maken van Google Mail, en van nog veel meer Google Services:

     
  7. Je kunt bijv zelf een weblog nemen bij Blogger [handleiding .pdf] [maar er zijn alternatieven]
  8. Of een Personalized Homepage, of een Google Notebook, of een on-line tekstverwerker en spreadsheet in Google Docs...
Internet Explorer, versie 7
  1. Download en installeer IE7. Herstart je PC/laptop als de installatie klaar is.
  2. Start IE7, en knip/plak het volgend web-adres op de adresbalk:
    http://www.mzandee.net/~zandee/statistiek/blog/postcom.xml
    Je krijgt dan het volgende te zien op je scherm:

     
  3. Klik de regel Subscribe to this feed, onderaan in het gele vensterdeel.
  4. Er verschijnt een pop-up scherm:

    Klik op de knop Subscribe
     
    .
  5. Als het nemen van een abonnement is gelukt krijg je het onderstaande bericht te zien:
  6. Klik op de regel View my feeds, onderaan in het gele vensterdeel.
  7. Een sidebar opent zich in het linker deel van je venster. In die sidebar staan je favorites en RSS-feeds:

     
    De RSS-feed van de Statistiek webpagina is geselecteerd, en de inhoud is in het rechterdeel van het IE scherm te lezen.
  8. Een volgende keer hoef je alleen op de linker oranje-gele ster [= Favorites Center] op de IE tab-balk te klikken om een overzicht van favorites en RSS-feeds te zien. De RSS-feeds worden automatisch ge-update, en zullen dus altijd de laatste berichten laten zien.

Als je zelf [ook] een weblog wilt hebben, dan kan dat dus via je Google account, maar ook bij de Universiteit Leiden, of bij Wordpress, of bij Edublogs [handleiding .pdf] - maar ook in dat geval kun je niet zonder je abonnee lijst op Bloglines of Google Reader, of in IE7...

Moeilijk allemaal? Er is ook nog een gewone verzend-lijst [zie linker-menubalk]. Vul daar je email adres in, vink subscribe aan, en klik update. Als er nieuwe berichten worden geplaatst op deze webstek dan krijg je een seintje via e-mail.

Start college Statistiek-1

Op dinsdag 31 oktober begint om 11.15 uur het college Statistiek-1. Het programma voor de twee beschikbare uren bestaat uit een kort inleidend college, direct gevolgd door praktisch werk.

Vergeet beslist niet om je laptop mee te nemen i.v.m. het praktikum.

Samenwerken voor werkgroepopdracht.

De werkgroepopdrachten mogen groepsgewijs worden gemaakt en ingeleverd. Zoek een [= 1] partner, en vertel me in een mailtje met wie je tijdens dit blok van het College Statistiek-1 wilt samenwerken voor het maken de werkgroepopdrachten. Doe dat zo snel mogelijk zodat ik op tijd in Blackboard een groep voor ieder paar kan maken.

De meeste groepsopdrachten moeten in de vorm van een Word document of een R-file worden ingeleverd in de digitale dropbox van je groep, tenzij anders is aangegeven.

Bij het nakijken van een werkgroepopdracht krijgen beide leden van een groep een identieke beoordeling.

Werkgroep - 2 benodigdheden

Je hebt morgen voor het maken van de werkgroep opdracht zowel je laptop als het boek van Buijs nodig. Vergeet niet om beide mee te nemen!
Ik zal voor de benodigde meetlintjes voor het verzamelen van gegevens zorgen.

Cohort2006 gegevens

Jullie kunnen de datamatrix met jullie gegevens voor opdracht 2 vinden in de Blackboardcourse Statistiek-1, onder Course Documents

Vraag 1 uit opdracht 2

Het antwoord op deel 3 van vraag 1 uit opdracht 2 hoeft niet te worden ingeleverd; is dus facultatief. Een goed antwoord geldt als bonus. In de vraag is onvoldoende duidelijk gemaakt dat een kruistabel noodzakelijk is om de gevraagde plot te kunnen maken [zoals in het vb in de R Graphics tutorial wel het geval is].

Waar is de dropbox van mijn groep...

Voor degenen die nog steeds de weg kwijt zijn naar de dropbox van hun groep is hier een recept. We gaan er daarbij van uit dat je inmiddels wel bent ge-enrolled in de Statistiek-1 course, en dat je ook lid bent van de groep...

  1. Log in in Bb, ga naar de course Statistiek-1,
  2. klik in de linkermenubalk op Communications,
  3. vervolgens Group Pages,
  4. klik daarna op de naam van je groep,
  5. en vervolgens op File Exchange [dropbox].
  6. Via Add File voeg je een file toe aan de dropbox.

Antwoorden op opdrachten die als attachment bij een email worden ingestuurd gelden als niet-ingeleverd.
Dat geldt ook voor de antwoorden die in de algemene dropbox worden gekieperd!!!

Antwoord op onderdeel van vraag 1 in opdracht 2

... kunnen jullie via deze link vinden...

BioCohort2006 weblog

Het BioCohort2006 [what's in a name] weblog is zojuist geinstalleerd. Hier is het lijstje met jullie jaargenoten die zullen optreden als administrators en redacteuren van dit blog:

  • r.baas@umail.leidenuniv.nl
  • b.c.jansen.2@umail.leidenuniv.nl
  • n.kooijman@umail.leidenuniv.nl
  • y.k.l.m.prevoo@umail.leidenuniv.nl
  • r.r.visser@umail.leidenuniv.nl

Jullie kunnen dus bij hen terecht voor het plaatsen van kopij. Maar geef ze eerst even wat tijd om na te denken over hoe ze dit blog verder zullen inrichten voor je ze bedelft onder de tips & tricks over hoe je R moet gebruiken voor het uitrekenen van een gemiddelde absolute afwijking.

Antwoord op modus in opdracht 3

... kunnen jullie via deze link vinden...

Antwoorden en opmerkingen opdracht 3

... kunnen jullie via deze link vinden...

Antwoorden op opdracht 4

... kunnen jullie via deze link vinden...

Toelichting bij de antwoorden op opdracht 4

... kunnen jullie via deze link vinden...

Tentamen doen, maar geen laptop hebben

Oudere jaars [van voor 2005] die Statistiek-1 moeten inhalen en geen laptop ter beschikking hebben om tijdens het tentamen te gebruiken, kunnen bij mij een laptop reserveren. Laat mij dat voor 8 december via een mailtje weten.
Ook 1e jrs van wie de eigen laptop bijv in reparatie is op 12 dec kunnen een vervangend exemplaar laten reserveren. Je bent zelf verantwoordelijk voor het installeren van het R pakket en overige info die tijdens het tentamen gebruikt kan/mag worden.

Er zijn max 10 exemplaren beschikbaar. Wie het eerst komt, het eerst maalt! Reserveer dus tijdig!

Gratis software voor Mac

Voor de studenten die een Apple iBook, Powerbook of Macbook hebben gekocht ipv een laptop van de merken Toshiba of HP is hier een website met links naar gratis software voor de Mac.
Ik geef die link door omdat SURFSPOT meer Windows georiënteerd is, en Mac gebruikers daardoor wel eens belemmerd worden in het vinden van goedkope [of gratis] software om te gebruiken in een onderwijskontekst.

Antwoorden op opdracht 5 ...

... kunnen jullie via deze link vinden...

Toelichting bij de antwoorden van opdracht 5 ...

... kunnen jullie via deze link vinden...

Uitslag tentamen Statistiek-1

De cijfers van het tentamen Statistiek-1 zijn ingevuld in het gradebook in Blackboard. Het tentamen is niet bijzonder goed gemaakt: van de 70 deelnemers hebben er 32 een 6 of hoger, en 40 een 5.5 of hoger.

De cijfers van een tweetal studenten konden niet worden ingevoerd - zij hebben zich blijkbaar, ondanks herhaald aandringen, nog steeds niet enrolled in de Statistiek-1 course.

De cijfers van een drietal studenten hebben een voorlopig karakter. Het is nl nog niet gelukt om hun files m.b.t. opdracht 8 te openen. Zodra dat wel lukt worden hun cijfers definitief aangepast. Als het niet lukt wordt het voorlopig cijfer definitief.

In opdracht 7 staat een vraag die klaarblijkelijk te hoog gegrepen was: de standaarddeviatie van Z. Hiervoor is een formule nodig die (nog) niet behandeld is. Dat onderdeel is niet meegenomen bij de beoordeling.

Tijdens het tentamen is het aantal deelnemers geteld en vastgesteld op 69. Er zijn echter 70 tentamens ingeleverd. Dit wordt nog uitgezocht.

Nota Bene: Het tentamencijfer is niet het eindcijfer. De beoordeling van de werkgroepopdrachten is niet in het tentamencijfer verwerkt. Dat gebeurt deze week. Het eindcijfer krijgt een aparte vermelding in het Bb-gradebook, en zal als eindbeoordeling van het vak Statistiek-1 [blok 2] naar het bureau van de opleiding biologie worden gestuurd.

Eindcijfer Statistiek-1 (blok 2)

Het eindcijfer van Statistiek-1 is ingevuld in het gradebook van Bb.

Aan de cijfers in het gradebook kunnen geen rechten worden ontleend - dat is alleen het geval met de door de docent ondertekende en door het bureau van de opleiding biologie bekend gemaakte lijst.

Het eindcijfer is berekend als het maximum van twee getallen: het tentamencijfer en ((0.2 x het gemiddelde van de werkgroepbeoordeling) + (0.8 x tentamencijfer)), en vervolgens afgerond op een half [m.u.v. 5.5 want dat is geen geldige beoordeling]. Deze rekenregel impliceert dat een slecht cijfer voor de werkgroep een goed tentamen niet negatief kan beinvloeden. Ook geldt dat het eindcijfer niet hoger kan zijn dan elk van de werkgroepbeoordelingen en het tentamencijfer op zich.

Tentamen bekijken

Vrijdagmiddag, 22 december, vanaf 14.00 uur, kun je tentamen inkijken en je antwoorden bespreken met Frans Jacobs. We zitten in het EEW-zaaltje van het van der Klaauw lab aan de Kaiserstraat [tweede verdieping Singelgebouw].

Stuur van te voren even een mailtje aan Frans zodat je tentamenantwoorden opgezocht en meegenomen kunnen worden naar de bespreking.

Tentamen antwoorden

Je kunt hier een PDF downloaden met de antwoorden op de vragen van het tentamen, ter voorbereiding op de bespreking van vrijdag a.s. [vanaf 14.00 uur in het EEW-zaaltje, 1e verd Singelgebouw, van der Klaauw Lab]

Resultaten van herkansingstentamen Statistiek-1

De resultaten van het herkansingstentamen Statistiek-1 staan in Blackboard. De bijbehorende eindcijfers zijn aangepast.

Antwoorden op opdracht 6 ...

... kunnen jullie via deze link vinden...

Antwoorden op opdracht 7 ...

... kunnen jullie via deze link vinden...

Antwoorden op opdracht 8 ...

... kunnen jullie via deze link vinden...

Antwoorden op opdracht 9 ...

... kunnen jullie via deze link vinden...

Antwoorden op opdracht 10 ...

... kunnen jullie via deze link vinden...

Eindcijfer Statistiek-1 blok 5

Het eindcijfer van Statistiek-1 blok 5 is ingevuld in het gradebook van Bb.

Aan de cijfers in het gradebook kunnen geen rechten worden ontleend - dat is alleen het geval met de door de docent ondertekende en door het bureau van de opleiding biologie bekend gemaakte lijst.

Het eindcijfer is berekend als het maximum van twee getallen: het tentamencijfer en ((0.2 x het gemiddelde van de werkgroepbeoordeling) + (0.8 x tentamencijfer)), en vervolgens afgerond op een half [m.u.v. 5.5 want dat is geen geldige beoordeling]. Deze rekenregel impliceert dat een slecht cijfer voor de werkgroep een goed tentamen niet negatief kan beinvloeden. Ook geldt dat het eindcijfer niet hoger kan zijn dan elk van de werkgroepbeoordelingen en het tentamencijfer op zich.

Tentamen antwoorden blok 5

Je kunt hier een PDF downloaden met de antwoorden op de vragen van het tentamen van blok 5 [7 mei 2007].

Antwoorden van werkgroep 11, 12, en 13 ...

... kun je vinden op de overeenkomstige data van de werkgroepen: 23, 24, en 25 mei.

Screencasts bij Statistiek onderwijs

Calvin Williamson geeft een online cursus Statistical Analysis op het Fashion Institute of Technology, onderdeel van de State University New York (SUNY). Voor het uitwerken en demonstreren van college-opdrachten maakt hij gebruik van zg screencasts [mbv Camtasia]. Die screencasts kun je bekijken op een weblog die bij zijn cursus hoort.

Behalve dat je op dat weblog wellicht nog iets van je gading kunt vinden bij het voorbereiden van je tentamen [bijv de stukken over het toetsen van hypotheses], ben ik ook wel nieuwsgierig naar wat jullie van dit onderwijsmateriaal en deze manier van uitleg geven vinden.

Antwoorden van opdracht 14 ...

... kunnen jullie via deze link vinden...

Antwoorden van opdracht 15 ...

... kunnen jullie via deze link vinden...

Overzicht alle werkgroepopdrachten + antwoorden

Op deze pagina van de syllabus vindt je links naar alle werkgroepopdrachten en de bijbehorende antwoorden

Antwoorden van werkgroep 16 ...

... kunnen jullie via deze link vinden...

Beoordeling werkgroep 16

Zoals naar aanleiding van o.a. jullie tijdproblemen is afgesproken tijdens de werkgroep, doet de beoordeling van deze werkgroep alleen mee indien het gemiddelde cijfer voor de opdrachten in blok 6 er niet onder lijdt.

Tentamen-antwoorden blok 6

Je kunt hier een PDF downloaden met de antwoorden op de vragen van het tentamen van blok 6 [20 juni 2007].

Eindcijfer Statistiek-1 blok 6

Het eindcijfer van Statistiek-1 blok 6 is ingevuld in het gradebook van Bb.

Aan de cijfers in het gradebook kunnen geen rechten worden ontleend - dat is alleen het geval met de door de docent ondertekende en door het bureau van de opleiding biologie bekend gemaakte lijst.

Het eindcijfer is berekend als het maximum van twee getallen: het tentamencijfer en ((0.2 x het gemiddelde van de werkgroepbeoordeling) + (0.8 x tentamencijfer)). Deze rekenregel impliceert dat een slecht cijfer voor de werkgroep een goed tentamen niet negatief kan beinvloeden. Ook geldt dat het eindcijfer niet hoger kan zijn dan elk van de werkgroepbeoordelingen en het tentamencijfer op zich.

Eindcijfer Statistiek-1

Het eindcijfer voor Statistiek-1 is ingevuld in het gradebook van Blackboard.

Aan de cijfers in het gradebook kunnen geen rechten worden ontleend - dat is alleen het geval met de door de docent ondertekende en door het bureau van de opleiding biologie bekend gemaakte lijst.

Het totaal-eindcijfer is het rekenkundig gemiddelde van de 3 eindcijfers van blok 2, 5, en 6. Het totaal-eindcijfer is alleen ingevuld voor de studenten met een geldig eindcijfer voor alle drie de blokken.

Voor studenten met een onvoldoende totaal-eindcijfer [5 of lager] en een blokcijfer lager dan het bodemcijfer 4 geldt dat zij dit onvoldoende blok moeten herkansen om aan een geldig totaal-eindcijfer te komen. Voor hen is het totaal-eindcijfer alleen in het gradebook ingevuld om inzicht te geven in het onvoldoende zijn van het eindresultaat, en niet als geldige eindbeoordeling voor het vak statistiek-1.


Cijfers herkansing blok 6 en Eindcijfer Statistiek-1

De beoordeling van het herkansingstentamen Statistiek-1 blok 6 is in het gradebook van Blackboard geplaatst. De bijbehorende eindcijfers voor blok 6 zijn aangepast, evenals het toaal-eindcijfer voor het vak Statistiek-1

Aan de cijfers in het gradebook kunnen geen rechten worden ontleend - dat is alleen het geval met de door de docent ondertekende en door het bureau van de opleiding biologie bekend gemaakte lijst.

Algemeen Herkansingstentamen Statistiek-1

Het tentamen duurt van 10.00 tot 13.00 uur

Het algemene herkansingstentamen Statistiek-1 is te downloaden als word.doc

Het tentamen is een zg Open Boek tentamen. Dat wil zeggen dat je je boek [Buijs] en laptop mee mag nemen en gebruiken, plus je aantekeningen, werkgroep opdrachten en -antwoorden, etc. Bovendien heb je de beschikking over een internet verbinding tijdens het tentamen zodat je dit [Statistiek-1] weblog en de syllabus-webstek, etc kunt raadplegen.

Je kunt het ingevulde word.doc als antwoord op het tentamen inleveren door het als attachment mee te sturen in een email aan mij EN aan Frans.

Je moet daarvoor wel je ULCN u-mail account gebruiken.

Je kunt dat doen door in te loggen in ULCN webmail, of door in te loggen in Blackboard -> course Statistiek-1 -> Communication -> Send Email -> All Instructor Users:

  1. Subject: Tentamen Statistiek-1 22-08-07
  2. Add Attachments: Klik op de Add knop en zoek/vind op je laptop het word.doc met tentamen antwoorden.
  3. Submit: Klik op Submit om je mail + attachment te versturen.

Bijzonder herkansingstentamen Statistiek-1 blok 6

Het tentamen duurt van 10.00 tot 12.00 uur

Het herkansingstentamen Statistiek-1 is te downloaden als word.doc

Het tentamen is een zg Open Boek tentamen. Dat wil zeggen dat je je boek [Buijs] en laptop mee mag nemen en gebruiken, plus je aantekeningen, werkgroep opdrachten en -antwoorden, etc. Bovendien heb je de beschikking over een internet verbinding tijdens het tentamen zodat je dit [Statistiek-1] weblog en de syllabus-webstek, etc kunt raadplegen.

Je kunt het ingevulde word.doc als antwoord op het tentamen inleveren door het als attachment mee te sturen in een email aan mij EN aan Frans.

Je moet daarvoor wel je ULCN u-mail account gebruiken.

Je kunt dat doen door in te loggen in ULCN webmail, of door in te loggen in Blackboard -> course Statistiek-1 -> Communication -> Send Email -> All Instructor Users:

  1. Subject: Tentamen Statistiek-1 29-08-07
  2. Add Attachments: Klik op de Add knop en zoek/vind op je laptop het word.doc met tentamen antwoorden.
  3. Submit: Klik op Submit om je mail + attachment te versturen.