Doel

Het college Algoritmiek biedt een introduktie in computer georiënteerde methoden om problemen op te lossen, en de daarbij behorende manieren om gegevens op te slaan en te representeren, met bijzondere aandacht voor hun toepassing in de Biologie en de Life Sciences

Het doel is om gevoel en inzicht te ontwikkelen voor het stapsgewijs receptmatig oplossen van daartoe geëigende probleemstellingen, en dat inzicht te gebruiken bij het schrijven van een in de taal Python geprogrammeerde implementatie van die oplossing.

"My basic idea is that programming is the most powerful medium of developing the sophisticated and rigorous thinking needed for mathematics, for grammar, for physics, for statistics, and all the hard subjects. In short I believe more than ever that programming should be a key part of the intellectual development of people growing up"
-- Seymour Papert: Communcations of the ACM 48[1] (2005)

"If builders built houses the way programmers wrote code, the first woodpecker to come along would destroy civilization." -- ?

Opzet

Het college Algoritmiek bestaat uit 12 hoorcolleges, in 6 blokken van elk 2 uur. Tijdens de colleges worden hoofstukken behandeld uit het boek How to think like a Computer Scientist - Learning with Python.

Na ieder collegeblok komen via Blackboard direct opdrachten beschikbaar die binnen een periode van 2.5 dag [deadline = woensdag middernacht] moeten worden gemaakt en ingeleverd. De opdrachten mogen in onderlinge samenwerking worden gemaakt. De samenwerking moet gebeuren in zelf samen te stellen groepen van drie personen. De groepsamenstelling moet gedurende de hele college-periode identiek blijven. De groepsleden leveren bij toerbeurt de opdrachten die bij 1 collegeblok horen in. Elke student komt dus tijdens de 6 college-blokken twee maal aan de beurt om groepswerk in te leveren. De opdrachten worden beoordeeld, en die beoordeling wordt gewogen [20%] meegenomen bij de vaststelling van het eindcijfer. De leden van elke groep krijgen per ingeleverde set van opdrachten een indentiek cijfer.

Na afloop van het college wordt er in hetzelfde groepsverband gewerkt aan twee wat grotere programmeeropdrachten [2 werkdagen]. De opdrachten worden anoniem nagekeken door een andere groep [1 werkdag]. Zowel de programmeeropdracht als het nakijkwerk worden beoordeeld, en ook deze beoordeling wordt gewogen [20+10=30%] meegenomen bij de vaststelling van het eindcijfer.

Het daarop volgende tentamen weegt voor 50% mee in het eindoordeel.

Voorkennis

Dit college vergt weinig voorkennis. Je moet met een internet-browser om kunnen gaan, en je moet je weg kunnen vinden in alle onderdelen van Blackboard.
De Python programmeer-omgeving is geinstalleerd op de PC's in de 2 PC-zalen van het Gorlaeus-Lab [LCP gebouw]. Je moet dus met die PC's en de Python programmeeromgeving om kunnen [resp. leren] gaan om de oefeningen die bij het college horen te kunnen maken.
Als je thuis wilt oefenen met Python dan is enige vaardigheid in het downloaden van programmatuur vanaf het internet en het vervolgens installeren daarvan wel vereist.

Boek

Het boek wat we bij dit college gebruiken heet:

How to think like a Computer Scientist - Learning with Python

en is geschreven door:

Allen Downey, Jeffrey Elkner, & Chris Meyers

Het boek is uitgegeven door Green Tea Press en daar in gedrukte vorm te bestellen, of via Amazon. Het is ook te downloaden in pdf format.

Je kunt het boek ook online inzien - let dan vooral op de feedback links die hier en daar in de tekst staan, en een aanvulling geven op het [gedrukte] boek.

Alle hoofdstukken en bijlagen die in het college worden behandeld staan ook in de syllabus die je via je studie-vereniging LIFE kunt aanschaffen.

Python op het Gorlaeus Lab

Python is geinstalleerd op de PC's in de PC-zalen van het LCP gebouw. Je kunt Python vinden op de Users schijf (F:\).

1. ga naar de F:\ schijf
2. zoek de Python23 directory
3. dubbelklikken op python.exe geeft je de ruwe command line versie van de Python interpreter.

Wil je iets mooiers dan dit kale scherm, doe dan de alternatieve stap 3 plus de daarop volgende extra stappen:

     3. open de Lib directory in de Python23 directory

• open vervolgens de site-packages directory
• open daarna de pythonwin directory
• sleep de file pythonwin.exe naar je desktop om een alias te maken
• ga naar de desktop en dubbelklik de alias pythonwin.exe

Maar de eenvoudigste weg naar Python gaat zo:

Start -> Programs -> 1Teaching -> ActiveState ActivePython 2.4 -> PythonWin IDE.

ActivePython op je eigen PC: Installatiefile + Handleiding

Voor al diegenen die op hun Windows-PC thuis de zelfde versie van Python willen installeren als die op de PC's in de PC-zalen van het Gorlaeus LCP gebouw is geinstalleerd, is hier de link naar de installatiefile van ActivePython versie 2.4:

ActivePython 2.4 [klik met rechter muisknop en kies Save to disk...]

Als je Windows 95, Windows 98, of Windows ME gebruikt moet je eerst de Windows Installer versie 2 [klik met rechter muisknop en kies Save to disk...] installeren voor dat je ActivePython installeert.

De handleiding voor het gebruiken van ActivePython kun je vinden via de volgende link:

Handleiding ActivePython 2.4